한편 이순신은 죽은 아들 면을 가슴에 묻고, 10월 29일에 목포의 고하도로 이진을 결행했다. 고하도는 동북쪽이 솟아서 서북풍을 막을 수 있고 군선을 감추기에 아주 알맞아 “숲속의 호랑이” 형세를 갖추고 있었다. 그리고 육지에 내려 섬 안을 둘러보니 몇 달간 군비확충을 위해 머물기에 형세가 매우 좋으므로 진을 치고 병사들이 기거할 집을 지을 계획을 세웠다. 이순신은 고하도에 삼도 수군 통제영을 설치하고 울돌목과 신안 앞바다를 지키면서 영산강 상류에서 왜군들이 배를 만들어 바다로 나오는 것을 방지했다. 

 

그리고 이순신은 고하도에 108일동안 주둔하면서 조선수군 재건에 매진하여 판옥선을 건조하며 병력과 군량미 확보에 전력을 다하였다. 명량승첩 소식이 널리 알려져 흩어졌던 군사들도 제 발로 모여들기 시작했고, 부하 장수들을 보내어 여러 섬으로 다니며 흩어진 군사들도 불러 모으고, 나무를 베어 배들을 건조하고 수선하며, 구리와 쇠를 거두어 화포를 만들고, 소금을 구워 팔아 군량을 비축하였다. 이순신은 군사가 8천명이나 되나 군량이 모자라 고심 끝에 군량을 확보하기 위해 해로통행첩을 발행하였는데, 이는 “삼도 연해를 통행하는 배는 공선·사선을 막론하고 증명서가 없을 경우 간첩으로 간주해 통행하지 못하게 할테니 모두 와서 통행첩을 받도록 하라”는 명령을 내린 것이다.

 

이순신은 배를 대·중·소로 등급을 매기고, 그 등급에 따라 큰 배는 3섬, 중간 배는 2섬, 작은 배는 1섬의 곡식을 바치게 했다. 피난선들은 모두 재물과 곡식을 싣고 바다로 나왔기 때문에 곡식 바치는 것을 나쁘게 생각하지 않았고, 이순신은 단 열흘 만에 군량미 1만석을 확보하게 되었다. 고하도에 온지 100여일 만에 전선은 42척으로 늘어났고, 병사들은 8천명으로 불어났다. 

 

그런데 1597년 11월 17일에 명나라장수 경리 양호의 차관이 초유문과 명 황제의 면사첩을 가지고 내려왔다. 이는 사형을 적용하지 않은 것을 증명하는 명황제의 증서인 것이다. 이순신이 한산도와 울돌목 전투에서 명나라를 지켜낸 공을 잘 알고서, 이순신 같은 명장이 또 다시 모함을 받아 하옥되거나 목숨을 잃게 될 것을 우려해서 면사첩을 내렸는데, 이는 이순신을 해치려는 조선조정과 붕당들에 대한 경고가 들어있었다. 이에 온 군사가 우러러보고 또한 백성들까지도 커다란 영광으로 여겼다. 

 

군선, 군량, 화약, 화포, 총통, 창검, 화살 등이 계사년의 한산도 통제영 수준으로 삼도수군이 재건되자, 이순신은 자신감을 얻은 후 고니시의 왜교성에서 더 가까운 완도 고금도의 덕동으로 1598년 2월 17일에 삼도 수군 통제영의 진지를 옮겼다. 고금도는 전라좌도와 우도사이에 있어서 안팎의 바다를 모두 견제할 수 있고, 산 봉우리가 겹겹이 이어져서 효율적으로 망을 볼 수도 있었다. 또한 농사지을 곳도 많았고 땅의 생김새나 섬 사정이 한산도보다 훨씬 나았고 크기도 3배나 컸다. 순천의 적까지는 물길로 백리였다. 고금도에 진을 옮기자 이순신을 의지해 농사 지으려고 모여든 백성이 1500여명이나 되어서 섬 안에는 수 백호에 이르는 민가도 생겨났으며, 섬의 농토도 넓었고 주위 여러 고을에 둔전도 설치 경영하였다.